程愿学从小卓荦，有奇志，慎交游，重然诺，以行义自砥砺。年轻时游历京师，巨公名士为之倾倒。有一次，他与友人一起在天亮时出门，路过一大户人家，友人进去拜谒，让程愿学在门外稍为等候。不想，直等友人走出门时，天已将暮。这时，程愿学依然在原地等候，没有离开。这虽然是一件极小的事情，却表现了他超人的诚实守信的品格。程愿学诚实守信的这件事，让在朝廷秘书府任职的蜀人赵炞听到后十分欣赏，他随即亲自去拜访程愿学，交谈甚洽。赵炞让程愿学随即携带行李到其学馆听课。过了不久，朝廷要编修《大元大一统志》，赵炞便极力推荐程愿学入编修局工作。当志书编成后，同事俱被优用，唯独程愿学没有得到相应的提拔，程愿学当然也不以为意。过了很久之后，才擢升为兵部从事。在兵部干事的数十人中，只有程愿学是南方人，但他才能毅然特立，同行都不敢小看他。他曾奉旨将缎帛犒劳戍卫和林的诸侯王，后来经常因服务国家而往来于岭北，却从未因艰险偏远而推辞过。

程愿学任满后调任镇江路任司狱，他早晚出入牢房，发现有寒饥瘐疾的犯人，不时给其衣食。他曾感叹地说：“那些人固然是罪人，但也可能没有罪。如果死了，哪算是上天对他的惩罚啊！”这件事则可以看到程愿学的仁慈之心。

程愿学在镇江路司狱职务上任满时，因为平时清廉，同时又把自己的薪俸买些衣食给寒饥瘐疾的犯人，因而根本没有积余，弄得几乎没有路费回家。刚好，朝廷有诏令要派官员到各地去宣诏。知府向来敬重程愿学，也知道程愿学手头拮据，故而想让程愿学趁此敛点财物作为回家之资。于是，程愿学被任命为宣诏诸邑使者。当时的使者下到州县，州县的官员都会将自己敛聚百姓的钱财向使者进贡。所以程愿学所到属县的官员都按常例进贡财物。程愿学见此情形便责备说：“我是宣诏而来的，能敛取百姓的财物回去吗？”他督促他们将财物拿回去还给百姓。

此后，程愿学升迁为湖州武康县主簿，明法令，申约束，革其弊政。这引起当地豪门大族及讼棍土豪的嫉妒。他们联合起来重金贿赂大府，设法支走程愿学，让他回京去办事。等他回到京城时，又碰巧接到亲人丧报，要离职回家守孝。

程愿学是在守丧期满后转任岭南循州长乐县令的。循州介于闽、广之交的偏远之地。此前的官员都把此地百姓当成蛮夷之地的化外之民，弛法废度，肆其贪虐；由此又滋生了一批依托官府横行乡里、剥下阿上的黑恶人物，这样的人在一个县域就有数百。而长乐更加僻远，老百姓被横征暴敛、掠夺财物，不少逃窜到别的州县去了。留下遵规守法、不避赋税的，却被贪赃奸猾者看上其财物，遭施加祸害，弄得家破人亡。其中有一些比较凶悍狡黠的人则依借山川险隘，拿起锄头棍棒用来自卫。

罗江五峡是少数民族居住之地，经常有山民出来扰掠边境。大府发兵捕治，但畏盗凶悍不敢去靠近他们，就派人去诱导训谕，让他们缴交一些残折的弓刀，算作是擒获了盗寇的战绩。这样，反过来让那些有一定势力的盗寇首领更把官府看成废物，行凶抢掠更加厉害，百姓深受其害。程愿学刚刚上任不久，恰好又有罗江的贼寇进入邻境抢劫财物，杀人盈道。州县的官吏都不敢过问，反而送羊送酒，让他们去别的地方抢掠，因而盗寇大举进犯长乐县境。此时，县内人心惶惶。县里的主簿、县尉都担心害怕，把家产也变卖了，住在船上，看情势缓急决定是离开还是留下。只有程愿学不为所惧，他觉得为官一任，保一境安宁是自己的职守。便说：“贼来了，我自己抵挡他们。”程愿学带领兵卒把守在要道上，同时召集民壮，告诉他们防守办法，让他们各自分守隘要，更派遣人马捕逐贼人，贼寇大惧只好逃离。结果抓获其首领七人，其余逃散而走。直到程愿学任满卸任为止，贼寇再也不敢涉足长乐境界。

古代县官无为而治，主要精力用于社会管理，查案断案调解纠纷是县官应该具备的基本素质和主要工作。面对官吏场上结党营私的险恶局面，程愿学到任后，立即开始了整治。他首先是从了解掌握违法官吏内外勾结的情况着手，用各种理由把他们全部遣返其乡里。其次是整饬案牍，申明法令，处理积案，这是民心的关注热点。

长乐县有个村民横死，他的妻子反来诉讼。程愿学依据在镇江路司狱的经历，知道这样的女人是泼妇，什么事情都干得出来。他看过讼词，就做出判断说：“你就是杀人犯。”经过讯问，她只好承认是自己把丈夫杀了。但此事牵连到富人，富人愿意出万两银子收买程愿学。程愿学断不接受，富人惧怕，改用重金贿赂程的上司。上司已成功把富人移解到他县去审讯，却反过来追究程愿学的罪责。程愿学形色自如，而后仰天感叹说：“像这样的杀人者皆可以因财免罪，那么有钱的人皆可杀人了！天地鬼神，他也可欺骗吗？”别县的审讯果然符合富人意愿，差吏赶忙拿着案牍就要签署结案。忽然，天昏地暗，雷雨交加，栋折瓦坠。官吏被突如其来的天象所震骇。结果，结案文书也不知丢失到哪里去了，找不回来。看来，是上苍明鉴，赫然震怒。上司也只好把此事放置下来，不敢再提了。

程愿学断案公正廉明的事迹在百姓中传开了。县里有个姓赖的，无故诉讼黄某劫掠财物，这事连累数十人。黄某被诉讼时尚不知自己犯了何罪，整个家族只得逃走躲藏起来，已经有五年之久。州府下达公文追索罪人，十分急迫。黄某听说程愿学来主县政，便亲自来到公庭。程愿学责骂说：“你是强盗又一直在逃避啊。”黄某哭诉着说：“我与赖某只是因筑陂截水争吵，产生口角纠纷，绝不是偷抢杀人。我如果不逃走，一家人都变成齑粉了。现在听到县里有好县官，愿意把事情始末缘由向你说明白。”程愿学说：“你们逃避的人很多，现在一个人来，哪里能自表清白？”于是和黄某约定日期，让他把所有逃走的人带回来，黄某答应照办。但是，上司却认为程愿学擅自怂恿强盗，要追究其罪责。黄某带领一帮人比原定日期提早到了，在城外听说这事后，又全部逃散走了。黄某独自感叹说：“我宁愿死，也不忍连累程县尹也！”结果自己去投案。

州官过去曾巧立名目搜刮民财，他责怨程愿学不听话行事，没和他狼狈为奸。因此想借故中伤程愿学，便令黄某诬陷程愿学曾接受过贿赂财物。黄某说：“我招惹的本不是罪，既然不能自明，难道还忍心借故陷害忠良吗？”黄某受尽各种毒刑拷问，到死也没有一句话语涉及程受贿的供词。州官还讯问连坐的十多个人，也没有一个人指认程愿学受贿。此时刚好吏部姓詹的官员巡行到州郡，把其冤屈纠正过来，程愿学才得以免罪。

前文已经提到，上司往来下属县邑，都借口说要点土特产而实际则索重贿，县邑则向民间搜刮用来行贿。这次程愿学的上司来了，程愿学却不吃这一套陋规。他自己拿出俸钱买点微薄的礼物送给上司，聊表敬意。后来上司都知他行事的风格，不但不敢接受送礼，干脆也就不再来了。有时要顺道经过长乐到其他县去，都宁可绕道走也不让程愿学知道。

程愿学在任上关心农桑，扶植贫弱，放宽徭赋，发展农业生产。请德高年劭的人在乡中申谕朝廷的好意。老百姓相信他的所言所为，很多原先逃亡出去的人又返回来。这样，县治所寓的居民，生聚日见繁荣，渐渐与内地的州县一样了。

长乐向来多火灾。百姓都说是城隍神穿着红衣服所带来的，想改变城隍。程愿学说，火灾是由于民众不小心造成的。于是便下令疏浚沟池，修理火具，庐舍用茅草盖成的则换用瓦片。他在职五载，火患不再出现，百姓还以为是神灵保佑。

长乐于宋神宗熙宁四年（1071）始置县，县治在长乐镇（今华城镇）。后于宋高宗绍兴十九年（1149）迁到九龙冈（今水寨七都围），到元世祖至元二十九年（1292）复迁回长乐镇。程愿学任县令时，县治复迁回华城不久，百废待兴。他建儒学于县城的西南胜地，选择有学问的人来当老师，召集各乡的优秀子弟来读书，兴学育人，深为百姓拥戴。结果，程愿学治下的长乐面貌焕然一新，连住在山谷中的百姓也大冠长裾，来游来息，文质彬彬，俨然传承先代遗风的样子。

长乐距离程愿学的家乡有数千里，他仅以一僮自随，五六年间都是这样。他任职期满，归舟行至江西庐陵的十八滩，因病而逝。时在元统三年（1335）六月十七日，寿六十岁。他的儿子程植在身边，便敛以时服，奉程愿学的灵柩回到家乡，葬在乡里的深坑源。

程愿学自己无子。弟幼学，死得较早，有子女四人。程愿学抚养如自己的子女。程植是他弟弟的第二个儿子，过继为程愿学的儿子。

程愿学死后十年，他的结拜兄弟、别驾王公巴延彻尔，做官来到安徽，寻访到程愿学的儿子，讲通家之好。任满，回京城任职，为程植求得承直郎真定路中山府判官一职。程愿学的夫人滕氏，赠宜人。康熙二年（1663）、康熙二十六年（1687）、道光二十五年（1845）《长乐县志》俱有程愿学简易传略，光绪四年《安徽通志·选举志》中程愿学有传。

元代著名学者、诗人，南宋左丞相虞允文五世孙，世称“邵庵先生”的虞伯生听到程愿学已逝世的消息，感叹地说：“斯人有用世之才，若在今日，缓急可仗。惜其年未甚远，位不足以展布其才耳！”程愿学为当世名流所知绝非虚誉。

元末大儒，著名理学家、经学家、文学家赵汸在《长乐县程令君愿学行状》中认为，程愿学“气禀刚明，资貌挺特，而操行清苦，且承故家令徳。凡游交皆国初老成巨公，其所熏陶以成就者，皆有自来。故历官中外，忠而不谀，勤而不扰，廉以自持，诚以接物，又明练法律以辅之。是以遇事有立，不以祸害变其所守，而宰物者，亦赫然临而鉴之。非其操心行事，不愧不怍者，能如是乎！”

赵汸说，自己不认识程愿学，但和程植有交情。他闻知程愿学的家世及其持身莅官的事迹比较详切，认为程愿学无愧于循吏之名。所以记述他的事略梗概，希望能记载在史籍上，以使其于青史有名，永传不朽。